Voor gezondheidzorginstellingen heeft de griep meerdere vervelende consequenties: hoewel gezondheidszorgwerkers beroepsmatig geen verhoogd risico hebben op influenza, kunnen zij het virus wel overbrengen op kwetsbare patiënten. Uit onderzoek in het UMC Utrecht blijkt dat 60% van de patiënten behoort tot een risicogroep met hogere kans op ernstige ziekte of sterfte door influenza. Patiënten zijn vaak instabiel bij binnenkomst in een ziekenhuis. Die eerste dagen zijn zij dus extra kwetsbaar en kan bescherming tegen influenza cruciaal zijn. Patiënten in een ziekenhuis kunnen besmet worden door bezoekers en personeel. Bezoekers worden echter vaak verzocht te wachten met bezoek als ze verkouden zijn of bedenken dit zelf. Ziekenhuismedewerkers zoals de verpleging, co-assistenten en artsen hebben met hen het meeste contact. Uit onderzoek blijkt dat ruim 70% van het personeel blijft doorwerken als zij griep hebben. Ook als ze geen symptomen hebben (bij 50% van de infecties) kan het personeel het virus wel overdragen. Als patiënten eenmaal zijn besmet en zij worden ernstiger ziek, dan liggen zij vaak langer in het ziekenhuis of komen zelfs op de intensive care terecht. Dit zorgt voor intensievere zorg wat de kwaliteit van zorg onder druk zet.
Ten tweede vormt het ziekteverzuim door influenza een probleem voor de zorg. Hoewel het overgrote deel van het personeel geen influenza krijgt, is de kans gemiddeld in de Nederlandse populatie toch ongeveer 10%. Met andere woorden, 1 op de 10 krijgt influenza. Dat lijkt niet veel, maar in een groot ziekenhuis bijvoorbeeld gaat het om honderden personeelsleden. Bovendien is de transmissiekans in ruimtes met veel mensen zoals ziekenhuizen, verpleeghuizen of huisartspraktijken groter doordat grote groepen mensen in kleine ruimtes vertoeven. Uit onderzoek van het UMC Groningen blijkt dat de gemiddelde verzuimduur in het ziekenhuis 10 dagen betreft tijdens de influenzaperiode. Dit is een grote belasting voor het overige personeel, vooral onder de verpleging en artsen aangezien onder hen de werkdruk zonder verzuim al hoog is.
Ten derde is de economische schade door influenza groot. Uit UMCG onderzoek blijkt dat de gemiddelde kosten per werknemer ongeveer 72 euro bedragen. Voor een heel UMC betekent dit dus ongeveer een half miljoen euro. Deze kosten drukken direct op het budget van het ziekenhuis en kunnen dus niet aan de zorg worden besteed.